Kaindorf wurde um 1128 durch Konrad von Safen gegründet, der das Gebiet der heutigen Pfarre Kaindorf vom steirischen Markgraf Leopold dem Starken kurz zuvor geschenkt bekommen hatte. Kaindorf wird erstmals 1255 als Chundorf (das Dorf des Chuno oder Konrad) urkundlich erwähnt. Nach dem Aussterben der Herren von Safen im 13. Jahrhundert kam ihr Besitz an die Herren von Stubenberg, Neuberg und Stadeck sowie an die Teuffenbacher. Im Jahre 1523 wurde der Ort erstmals urkundlich mit dem heutigen Namen Khaindorff erwähnt.

Die Kirche St. Jakob wird erstmals 1313 als Vikariatskirche erwähnt. Die heutige Pfarrkirche wurde Anfang des 18. Jahrhunderts erbaut.

Kaindorf lag im häufig heimgesuchten Grenzgebiet und wurde 1418 von den Ungarn, 1532 von den Türken und 1605 von den Haiducken zerstört. Am 25. Juli 1704 wurde das Dorf von den Kuruzzen angezündet. Kaindorf hat sich erst im 20. Jahrhundert aus einer rein agrarischen Siedlung zu einem gewerblichen Zentrum des Safentales entwickelt.

Am 1. Jänner 1968 wurde die Gemeinde Kaindorf mit der Gemeinde Kopfing zur neuen Gemeinde Kaindorf vereinigt.

Ab Ende des 2. Weltkrieges herrschte in Kaindorf aufgrund des wirtschaftlichen Aufschwunges eine sehr rege Bautätigkeit, was den Gebäude bstand in den letzten 50 Jahren mehr als verdoppelt hat.

Seit 1. Juli 1998 ist Kaindorf Marktgemeinde.